需要指出的是溴系阻燃剂的应用也存在着一些问题。首先，溴系阻燃剂最大的缺点是燃烧或受热分解时会生成较多的烟、腐蚀性气体和某些有毒气体。目前，降低阻燃材料燃烧时的生烟最及有毒气体量的呼声日益增高，溴系阻燃剂无疑将受到冲击。其次，溴系阻燃剂一般都与三氧化二锑并用以利用协同效应来提高阻燃效果，这进一步增加了阻燃材料燃烧时的生烟量。另外，有研究表明:
溴系阻燃剂还会降低被阻燃高聚物的抗紫外线性能。更为严重的是，自1986年以来，人们发现多溴二苯醚及用其阻燃的高聚物的热分解和燃烧产物中含有有毒的多溴代二苯并二烷及多溴代二苯并吠喃(即所谓的Dioxin问题)。这给应用最广泛的多溴二苯醚甚至是给整个溴系阻燃剂的应用带来极大的冲击。不过，由于溴系阻燃剂在整个阻燃领域内占有举足轻重的地位，而且目前尚未找到适用的阻燃体系来取代它。所以新型的热稳定性更好、加工性更好、耐紫外线、低烟、低毒的溴系阻燃剂的研制和应用一直都没有停止过。美国一些性能优良的溴系阻燃剂近年来仍在扩大生产，并将得到大力地推广应用。但寻找溴系阻燃剂特别是多溴二苯醚替代品的工作将会引起更广泛的关注，无卤阻燃体系将呈现出更加诱人的前景